De KHBO telt vier departementen die een 40-tal afstudeerrichtingen aanbieden in vier studiegebieden: Gezondheidszorg, Handelswetenschappen & Bedrijfskunde, en Lerarenopleiding in Brugge, en Industriële Wetenschappen & Technologie in Oostende. Om de bestendige groei in goede banen te leiden en de geografische versnippering tegen te gaan werden de Brugse departementen, samen met de centrale diensten, vanaf het academiejaar 2008-2009 geconcentreerd in de nieuwe Campus Brugge langs de Expresweg in Sint-Michiels. Ons Oostends departement Industriële Wetenschappen & Technologie blijft behouden op haar vertrouwde locatie aan de Zeedijk. Daarnaast zijn de voor Vlaanderen unieke luchtvaartopleidingen sinds september 2007 ondergebracht in het gloednieuwe Vlaams Luchtvaartcentrum op de internationale luchthaven Oostende-Brugge.